L'exposé de son curriculum vitae ne suffit pas à appréhender François Annat, ses convictions, son engagement, ses forces et ses fragilités. Ce serait trop simpliste de suivre quelques idées rapidement ennoncées frappées de quelques a priori à partir de nos points de vue actuels .
Le découpage de notre histoire en périodes de cent ans peut être trompeur. Il n'y a aucune raison pour que ces segments de temps présentent quelque unité indépendante. Comme ses contemporains qui ont fondé le XVIIe siècle, Annat est un homme du XVIe. Bien sûr qu'un siècle est toujours fécond d'évènements, d'évolutions, de changements et le XVIe tout particulièrement.
Dans un monde où tout est religieux, les fondements culturels sont littéralement bouleversés. Au-delà des évolutions de la pensée et des avancées scientifiques, de nombreux chrétiens quittent la religion catholique apostolique romaine pour suivre Luther et Calvin dans la religion protestante. François Ier réduit l'influence pontificale sur l'église de France en nommant aux hautes fonctions ecclésiastiques et aux grades universitaires. Le concile de Trente pose les principes de la réforme tant attendue de l'Eglise catholique. Huit guerres de religion déchirent la France. Molina défend un rôle important du libre arbitre dans le salut. L'Espagne accède à l'apogée de son siècle d'or. Les Habsbourg dominent l'Europe. Les Bourbon succèdent aux Vallois. La France a failli avoir un roi huguenot.
Début XVIIe, François Annat suit avec ténacité les longues études nécessaires à l'intégration de la compagnie de Jésus. En 1607, le pape Paul V congédie les congrégations
de auxilliis (installées en 1597) sans condamner le molinisme malgré la demande initiale des dominicains. Pour défendre la vraie foi contre la religion réformée le Père Annat aiguise ses talents de controversite. Il s'appuie sur le molinisme pour se distancier des extrêmités augustiniennes dont se réclament les calvinistes et auxquelles se réfèrent les jansénistes. A part d'être assuré de son élection, qui suivrait un dieu qui jugerait les hommes sur des actions indépendantes de leur volonté ? Sa maîtrise de la théologie et son art de la controverse le conduisent à la curie généralice. Ses expériences romaines d'assistant général de France auprès du général des jésuites et de consultant théologique au Saint-Office où il oeuvre pour la condamnation des 5 fameuses propositions attribuées à Jansénius, semblent le désigner pour réaliser le réalignement du management des établissements de la compagnie de Jésus en France sur les voeux de Mazarin. Son antijansénisme le rapproche de Louis XIV dont il est le confesseur très actif contre Port-Royal pendant les 15 premières années de règne du roi soleil.
Homme de conviction, d'action et de situation, au coeur des pouvoirs spirituel et temporel de son temps, François Annat n'a jamais profité de ses hautes fonctions pour lui-même, sa famille ou ses amis. Ce n'est pas la meilleure façon de s'attirer les éloges intéressées qui fondent parfois une grande réputation.
